Народився 17 листопада 1986 року в с. Прилбичі на Львівщині у аристократичній родині. Його батьки - граф Ян-Канти-Ремігіан і Софія-Людвіка-Цецилія-Констанція (графиня Фредро), брати - Роман (Андрей Шептицький), Станіслав, Леон і Александер Шептицькі.

По закінченню краківської гімназії Святої Анни (1887) вивчав юриспруденцію й науки в галузі лісівництва в університетах Кракова, Мюнхена і Парижа. У 1892 році після отримання ступеня доктора права розпочав працювати адвокатом, одночасно управляв родинними маєтками. Публікував праці в сфері організації та керівництва земельними господарствами, очолював Галицьке лісове товариство.

На початку 1900-х років Шептицький розпочав політичну діяльність: став депутатом парламенту та членом Державної ради Австро-Угорщини, був співавтором загальнодержавного закону про ліси. Після розпуску парламенту в 1907 році відійшов від політики.

В 1911 році вступив у бенедиктинський монастир Бойроні (нині Німеччина), наступного року перейшов у греко-католицький монастир студитів у Камениці (нині Боснія і Герцеговина), де прийняв монаший сан та отримав ім’я Климентій. 28 серпня 1913 року в Крижевцях (нині Хорватія) був висвячений єпископом Діонісієм Няраді на священника і з 1915 року став ієромонахом.

З 1913 по 1918 роки вивчав теологію в університеті в Австрії.

Климентій займався розбудовою і вдосконаленням Студійського чину. З 1918 року був настоятелем монастиря студитів у Скнилові на Львівщині, з 1926 року - ігуменом Унівської Свято-Успенської лаври. Сприяв заснуванню студитських монастирів у Галичині й Канаді.

Спільно з братом, митрополитом А. Шептицьким, 1936-1937 роках доповнив й удосконалив - устав для монахів Студійського чину. Публікував релігійні статті, викладав теологію в університеті Інсбрука (Австрія), входив до Українського богословського наукового товариства.

Від митрополита Андрея Шептицького отримав у 1939 році таємне призначення апостольським екзархом Росії і Сибіру, затверджене Папою Римським Пієм XII 22 грудня 1941 року.

Як і вся родина Шептицьких, він зазнав особистих трагедій: втратив братів Леона і Александера, вбитих у 1939 - 1940 роках, а також племінника Анджея, страченого НКВС у Катині. Після приходу Червоної армії до Львова потрапив під нагляд спецслужб, а під час німецької окупації, спільно з митрополитом Андреєм, брав участь у порятунку євреїв від знищення. Після повернення радянської влади у 1944 році знову став об'єктом уваги через підозру в підтримці ОУН.

12 листопада 1944-го року, після смерті брата Андрея, митрополитом Й. Сліпим був зведений у сан архімандрита монахів Студійського уставу і очолив делегацію УГКЦ до Києва і Москви для налагодження контактів з радянським керівництвом однак її не прийняли на високому рівні.

Зрештою Шептицький вручив голові Ради у справах релігійних культів при РНК СРСР І. Полянському адресовані на ім’я Й. Сталіна листи митрополитів УГКЦ А. Шептицького та Й. Сліпого. Також було передано для Червоного Хреста 100 тис. карбованців, пожертвуваних греко-католиками Галичини на лікування поранених червоноармійців.

Климентій Шептицький відкрито протестував проти арештів ієрархів і духовенства УГКЦ та дій радянської влади щодо ліквідації унії й приєднання греко-католиків до РПЦ. 1 липня 1945 року він надіслав листа з протестом на ім’я заступника голови РНК СРСР В. Молотова. Цей лист підписали понад 60 священників УГКЦ.

У відповідь Шептицькому заборонили перебувати у Львові, змусивши переїхати до Унева. 5 червня 1947 року його заарештували, звинуватили в політичних злочинах і відправили до Києва, де піддавали тортурам, вимагаючи переходу до православ'я. 15 січня 1948 року слідство завершилося звинуваченням у «зраді Батьківщини», а 28 лютого особлива нарада МДБ УРСР засудила його до 8 років ув’язнення. Він помер у Владимирській тюрмі (РСР) 3 травня 1951 року, місце поховання досі невідоме.

29 травня 1991 року Климентія Шептицького реабілітували як жертву політичних репресій. У 1996 році за порятунок євреїв під час Другої світової війни його удостоїли звання «Праведник народів світу». Після завершення беатифікаційного процесу 24 квітня 2001 року, Папа Іоанн Павло II 27 червня того ж року проголосив його блаженним священномучеником. У 2005 році в Уневі відкрили меморіальну дошку, а в 2011 у Прилбичах встановили пам’ятник митрополиту Андрею та блаженному Климентію Шептицьким.