Народився 25 жовтня 1860 у Ніжині на Чернігівщині в сім'ї поштаря Ніжинської поштової станції Семена Самокиша. Початкову художню освіту отримав в Ніжинській класичній гімназії у вчителя малювання Р. К. Музиченка-Цибульського, у якого також брав приватні уроки живопису. Закінчив Ніжинський історико-філологічний інститут, створений на базі «Гімназії вищих наук і ліцею князя Безбородька», де в різні часи навчалися М. В. Гоголь, Є. П. Гребінка, В. М. Забіла, А. М. Мокрицький, В. В. Тарновський-ст., Л. І. Глібов, Ф. Г. Стравинський.

Під час навчання у Петербурзькій Академії Мистецтв (1879 – 1885) належав до українського гуртка митців (Сергій Васильківський, Порфирій Мартинович, Опанас Сластіон), що ставив собі за мету відтворити історичні події і національні особливості з життя й побуту українського народу.

За дипломну роботу – полотно «Повернення російської кавалерії після атаки під Аустерліцем» (присвячена війні 1812-го року) Самокиш отримав  велику золоту медаль Академії мистецтв. Та закордонне відрядження до Парижа. 1885 року він поїхав до Версаля, де була велика колекція батального живопису. «Ці картини не справили на мене особливого враження, композиція їх театральна. Мені, як прихильникові реалістичної школи, вони не сподобалися…», – такі враження залишив художник у щоденнику.

Повернувшись з-за кордону, намалював кілька картин для Тифліського воєнно-історичного музею («Баталія біля річки Іорі 1800», «Оборона Наурської станиці 1774», «Бій під Авіляром»), якими здобув ім'я баталіста.

1890-го Микола Самокиш, у неповних 30 років, отримав звання академіка за роботу «Табун білих рисистих маток на водопої».

Як баталіст, Самокиш двічі виїздив на театр воєнних дій: під час російсько-японської війни («Война 1904-05. Из дневника художника», 1908) і разом зі студентами 1915 на західний і кавказький фронти («Великая война в образах и картинах», 1915), а також намалював кілька картин на теми громадянської війни: «Атака Будьоннівської кавалерії» (1923), «Перехід Червоної Армії через Сиваш» (1935) та інші.

З 1898 разом з С. Васильківським працював над альбомом, що мав бути продовженням Шевченкової «Живописной Украины» — «Из украинской старины», з текстом Д. Яворницького (1900). Другий альбом «Мотиви украинского орнамента» (1902), Микола Семенович вже опрацював сам. На початку 1900-их років Самокиш брав участь у розписах Полтавського губернського земства. З 1911 року кожного літа працював в Україні («Табун коней», 1914), з 1928 у Харкові, виконав давно задуманий цикл творів з української історії й козацьких воєн: «В'їзд Богдана Хмельницького до Києва 1648» (1929), «Бій під Жовтими Водами», «Абордаж турецької галери запорожцями» (1930), «Бій Івана Богуна лід Монастирищем 1653» (1931), «Бій під Царичанкою 1709», «Похід запорожців на Крим» (1934), «Руйнування Батурина Меньшиковим», «Кость Гордієнко нищить драгунів Кемпеля», «Бій Максима Кривоноса з Яремою Вишневецьким» (1934), «Харківська фортеця XVIII ст.» (1936), «Розгін демонстрації в Києві 1914 у соті роковини з дня народження Т. Шевченка» і «Царські жандарми везуть Шевченка на заслання» (1938), «Голод у Криму 1921-22», «Полювання» та інші.

У спадщині Самокиша лишилися численні графічні роботи, з яких значна частина на батальні сюжети, виконані аквареллю, тушшю і олівцем; виконав кілька тисяч книжкових ілюстрацій, застосовуючи в них малярські засоби, зокрема ілюстрував українські книги: оповідання Марка Вовчка, повість «Микола Джеря» І. Нечуя-Левицького, «Думу про Джуру», «Тарас Бульба» М. Гоголя та інші. Ілюстрації були розміщені у різних журналах, найбільше в рос. «Нива» (1910, 1912, 1914-45, 1917), «Солнце России» (1914 — 16), в укр. «Мисливець та рибалка» (1928).

Для творів Самокиша властива багатофігурність і динамічність композиції; його мистецька спадщина (понад 10 000 малюнків і графіки) зберігається в музеях України, Росії й у приватних колекціонерів.

Особливе місце в творчості займають коні, за зображення яких Миколу Семеновича неодноразово нагороджували. «Я люблю коней як художник та в минулому кавалерист, – писав він. – У цьому напрямі я працюю постійно, вважаю коня гарним та благородним створінням і намагаюся зображувати його не тільки з зовнішнього боку, але й передати його психіку, його порив, найпрекрасніше, що є у цих тварин. Навіть шкапа на скаку виглядає живописно».

Микола Самокиш [Електронний ресурс] // Бібліотека українського мистецтва. – Режим доступу до ресурсу: http://uartlib.org/ukrayinski-hudozhniki/mikola-samokish/

Самокиш М. Мотиви українського орнаменту : альбом / М. Самокиш ; упоряд., відп. за вип., авт. передм. О. С. Морозов ; Ніжинський держ. ун-т ім. М. Гоголя. Б-ка. Музей рідкісної книги. - Ніжин : Лисенко М. М., 2019. - 55 с.

* В бібліотеці є оригінал видання Мотивы украинского орнамента / сост. Н. С. Самокиш. - Харьков ; Санкт-Петербург, 1912. - 40 с.

Самокиш М. С. Як я став художником / М. С. Самокиш. – Київ: Мистецтво, 1937. – 76 с.

Археологическая летопись Южной России / Ред. Н. Ф. Беляшевский. - Киев : Тип. Императ. ун-та, 1903. – №6.

Безхутрий М. М. Народжений вдруге : повість про укр. рад. живописця-баталіста і графіка М. С. Самокиша / М. М. Безхутрий. - К. : "Веселка", 1971. - 223 с.

Бирзгал Я. П. Н. С. Самокиш : Жизнь и творчество / Я. П. Бирзгал. - Симферополь : Госиздат Крымской АССР, 1940. - 48 с.

Бурачек М. Г. М. Самокиша / М. Г. Бурачек ; авт. передм. К. Буревій. - Харків : Рух, 1930. - 41 с.

Васіна З. Український літопис вбрання: науково-художні реконструкції: Книга-альбом / упоряд. авт. тексту, худож. реконструкції З. Васіна. - К. : Мистецтво, 2003.Т. 1 : 11 000 років до н.е. - ХІІІ ст. н.е. - К. : [б.в.], 2003. - 448 с.

Вовчок М. Маруся : пер. з рос. мови / Марко Вовчок. - Кам’янець на Поділлю : Дністер, 1920. - 132 с.

Из украинской старины : альбом / рис. акад. С. И. Васильковского и Н. С. Самокиша ; поясн. текст проф. Д. И. Эварницкого ; изд. А. Ф. Маркса. – С.-Петербург: Изд. А. Ф. Маркса, 1900. – VIII, 100 с.

Кутепов Н. И. Царская охота на Руси : ист. очерк Николая Кутепова: в 4 т. Т. 1: Великокняжеская и царская охота на Руси с X по XVI век / Ил. В. М. Васнецовым и С. Самокишем. - СПб., 1896. - XVI, 212 с.

Кутепов Н. И. Царская охота на Руси : ист. очерк Николая Кутепова: в 4 т. Т. 3: Царская и императорская охота на Руси. Конец XVII и XVIII век. - 1902. - XXXII, 300, 283, [1] с.

Народна творчість та етнографія : науково-популярний ілюстрований журнал. – Київ, 1980. – №6.

Народна творчість та етнографія : науково-популярний ілюстрований журнал. – Київ, 1963. – №2.

Образотворче мистецтво : часопис. – Київ, 2000. – №3-4.

Образотворче мистецтво : часопис. – Київ, 2003. – №2.

Полевой П. Н. Отголоски старины. Сборник исторических рассказов П.Н. Полевого / ил. К.В. Лебедева, Н.С. Самокиша. СПб.: Издание А.Ф. Девриена, 1900. – 174 с.

Самокиш Н. С. Мемуары / Харьковский художественный музей , Корпорация «Колсантинговая группа «Рубаненко и партнеры», Общественная организация клубного типа «Гостинная на Дворянской» ; сост. Л. Абраменко. - Х. : Золотые страницы, 2010. - 182 с.

Українське козацтво : мала енциклопедія / Науково-дослідний інститут козацтва, при Запорізькому національному університеті ; ред. С. Р. Лях. - Київ : Генеза. - 670 с.

Чепелик В. В. Український архітектурний модерн / В. В. Чепелик ; Київський національний університет будівництва і архітектури, Всеукраїнський фонд відтворення видатних пам’яток архітектурної спадщини ім. О. Гончара. - Київ : КНУБА, 2000. - 378 с.

Яворницький Д. З української старовини / ілюстр. С. І. Васильківський, М. С. Самокиш / Київ: Мистецтво, 1991. — 316 с.

Яворницький Д. І. Із української старовини / Д. І. Яворницький. - Київ : Веселка, 2001. - 175 с.